畠山義就が失脚し、山名宗全が復帰する
先の政争では義政が勝利しましたが、しばらくすると畠山義就が増長し、義政の不興を買うことになります。
畠山義就は大和（奈良県）に侵攻して勢力の拡大を図りましたが、この時に「自分の大和進出は義政様の意向を受けてのものである」と偽りを述べたため、義政は激怒し、義就を支持する気持ちを失っていきました。
さらに畠山義就は細川勝元の所領にも攻撃を加えたため、危機感を抱いた勝元は、義就の再度の追い落としを計画します。
細川勝元はまず、先に追放された畠山政久の赦免を義政に願い出ます。
畠山義就に当主をつがせたのは間違いであったと感じていた義政は、これを承認しました。
やがて畠山政久が死去した後に、その弟の畠山政長が擁立され、さらに山名宗全も復帰して彼を支持します。
畠山義就から家督を取り上げる
これを受けて義政は、畠山義就から家督を取り上げ、畠山政長を当主の地位に就けました。
この義政の措置によって、結局は細川勝元と山名宗全が望むままに、畠山氏の家督が決まったことになります。
畠山義就は戦闘に強く、それだけに傲慢なところがあり、各地に攻撃をしかけて紛争の火種を巻いていました。
そういったところを義政は好まず、畠山義就を廃して細川勝元と山名宗全に味方した方が、統治が安定するだろうと判断したのだと思われます。
畠山義就は幕府軍からの討伐を受け、吉野（奈良県南部）へと逃亡して失脚しました。
しかしながら、いったんは家督相続を認められながらも追い落とされたために、義就はそう簡単に畠山氏の家督を諦めることはなく、この後も抗争が繰り返されることになります。
安定した家督相続の仕組みが確立されていなかった
畠山氏に限らず、この時期には富樫氏、小笠原氏、六角氏など各地の守護大名家でも、相次いで家督争いが発生しています。
その理由は、当時は兄弟の序列がさほど明確ではなく、安定した相続の仕組みが確立されていなかったためです。
このため、当主が亡くなると、その子どもたちが家督争いを起こすのが常態化していました。
これが室町時代において、紛争が絶えないことの原因になっています。
有力な守護大名家の家督争いでは、将軍や他家の大名たちが、新当主を自派に取り込むために介入を計ることが多く、それが混乱を助長させることになりました。
この弊害を除くため、後世では嫡子相続の原則が立てられ、兄が弟よりも優先される、という序列が強固に形成されるようになります。
大赦が実施され、畠山義就が赦免される
こうして義政と細川勝元、山名宗全との関係が修復されましたが、それでも争いの火種はなくなっていませんでした。
義政の側近には伊勢貞親という政所の執事がおり、彼は将軍の権威を向上させることで、自身の権力を増大させようと計画します。
1463年に義政の母・日野重子が亡くなると、伊勢貞親の働きかけによって大赦が行われ、吉野に追われていた畠山義就が罪を許されました。
畠山氏の当主にしたり、討伐したり、赦免したりと、対応がめまぐるしく変わりますが、この大赦によって伊勢貞親は、畠山義就と敵対する細川勝元を、牽制しようと考えたようです。
つまるところ、畠山義就は政争の道具として利用されていたのだと言えます。
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